国旗国歌法成立後も一部の教育現場において国旗掲揚に対する賛成派と反対派の対立が続いた。このため、2006年10月31日には衆議院の教育基本法に関する特別委員会において自民党の稲田朋美議員から学習指導要領の国旗・国歌条項にのっとって教職員には入学式、卒業式において国旗に向かって起立し国歌を斉唱する職務上の義務があるかどうかとの質問が出された。この質問に対して伊吹文明文科大臣と民主党の藤村修議員の両名とも教職員にはその義務があると答えている。
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国旗国歌法の本則における日章旗の制式は、縦横比を2対3、旗の中心（対角線の交点）を中心とし、縦の長さの5分の3を直径とした円（日章、日輪）を描くのが正式である。なお、日章の赤は法律では「紅色」となっており、JIS慣用色名ではマンセル色体系で 3R 4/14 であるが、実際には金赤（同 9R 5.5/14）が使われることも多い。
長らく慣行（商船規則で定められた制式）として、縦横比を7対10とし、日章を旗の中心より旗竿側に100分の1近づけた点を中心として描くものが使用されてきたため、国旗国歌法の附則第3項で当分の間この制式も用いることができる旨の特例が定められている。両者の縦横比を最小公倍数に換算すると、本則:14対21、特例:14対20となり、本則のほうがやや横長（あるいは特例のほうが縦長）となるが、日章と白地のバランスとしては特例の方が安定している、風にはためく時の見栄えは日章が旗竿に寄っているほうが美しい、とする意見もある。
日章旗は大日本帝国陸軍の軍旗として 自衛隊の兵器に記される国籍マークは大日本帝国軍時代から白のふちどりがついた日の丸であらわされる。また大日本帝国陸海軍の軍旗、軍艦旗となっていた旭日旗は海上自衛隊が自衛艦旗としてそのまま受け継ぎ、陸上自衛隊はデザインを変更した自衛隊旗を使用している。